Процесс проведения единого государственного экзамена во всех нюансах направлен на объективную оценку фактического уровня знаний выпускников. Из этого вытекают правила проведения экзамена.

ЕГЭ может проводиться в утвержденных комиссией зданиях, в том числе это может быть учебное заведение, которое оканчивают экзаменуемые. Главным фактором является доступность здания для всех участников ЕГЭ. Каждый экзаменуемый или контролирующее лицо должны быть в состоянии добраться до места проведения ЕГЭ максимум в течении одного часа. Начало ЕГЭ назначается на 10.00 по местному времени. До этого времени все экзаменуемые и контролирующие сотрудники должны быть на своих местах. В случае опоздания любого участника он не допускается на проведение ЕГЭ.

Контроль за процессом экзаменовки проводят назначенные научные сотрудники, кроме тех, чья специализация соответствует или близка предмету данного экзамена. Это правило применяется с целью предотвращения умышленных или случайных подсказок выпускникам. Для повышения непредвзятости на ЕГЭ не допускаются учителя той школы, в которой проходили обучение экзаменуемые.

Непосредственно во время проведения ЕГЭ учащиеся одного класса не имеют права находиться в одной аудитории. Для этого производится случайный разделение группы на две или несколько равных частей. К каждой полученной группе должно быть определено равное количество контролирующих лиц. Установленный законом порядок учитывает наличие двух контролирующих лиц на группу размером в пятнадцать человек. Если в одном помещении проходят испытания несколько групп, то помимо основных контролеров добавляется еще один на каждые две группы.

В помещении, в котором будет происходить оценивание, для каждого испытуемого должно быть предусмотрено отдельное рабочее место - пронумерованный стол и стул. Категорически воспрещается решение заданий несколькими учащимися за одним столом. К каждому из мест экзаменовки контроль должен иметь свободный доступ, т.е. исключается применение в расстановке парт примыкание к стенам, друг к другу и т.д. Учащийся занимает место, указанное представителем контролирующей комиссии, и не имеет права покидать его без разрешения экзаменационной комиссии.

Перед тем, как раздать участникам случайно выбранные варианты КИМ, организаторы обязаны напомнить испытуемым о правилах проведения ЕГЭ. В частности, нужно упомянуть о том, сколько времени будет предоставлено для ответа, когда будут готовы результаты, возможны ли пересдачи и в каких случаях, как правильно заполнять бланки участия, как исправлять ошибки и дать ответы на любые тематические вопросы, заданные экзаменуемыми. После организационных моментов участникам раздаются бланки ЕГЭ и дается определенное время на их правильное заполнение. После того, как все участники их заполнили, начинается непосредственно единый государственный экзамен после официального объявления и начала отсчета времени. Для этого вскрываются индивидуальные пакеты с вариантами КИМ, которые раздаются в случайном порядке. Если испытуемый обнаружил полиграфические дефекты на бланках или неполноценность КИМ, то ему следует незамедлительно сообщить об этом участникам комиссии. Представители контроля обязаны полностью заменить пакет КИМ, без замены отдельных листов.

Работу нужно выполнить в течении заданного времени либо досрочно. После досрочной сдачи выполненных КИМ испытуемый обязан покинуть комнату во избежание помех другим экзаменуемым. Если досрочное выполнение произошло менее, чем за пятнадцать минут до общего окончания экзамена, то учащийся сдает работу по истечении оставшегося времени. При сдаче выполненной работы участник ЕГЭ подает представителю комиссии свой пропуск, в котором будут указаны количество выданных и сданных бланков, черновиков и других документов. так же в пропуске ставится штамп "Бланки ЕГЭ сданы" и подписи ответственного лица.  Делается это с учетом возможной подачи апелляции и повторной экзаменовки.