В российском законодательстве существуют исключения, которые позволяют поступать некоторым группам граждан в высшие учебные заведения без прохождения ЕГЭ. Список таких групп включает иностранных граждан, получивших среднее образование за рубежом; лица с ограниченными возможностями; поступающих на второе высшее образование. Перечисленные абитуриенты имеют право на поступление в ВУЗ по результатам вступительных экзаменов. Тем не менее, для того, чтобы получить разрешение на поступление по стандартной форме, необходимо предоставить подтверждающие причину документы. Это иностранные документы об образовании, медицинские справки или заключения врачебных комиссий, диплом об окончании ВУЗа. Абитуриенты, которые окончили профессиональные училища, имеют право поступать на соответствующий балакавриат без прохождения ЕГЭ, но при вступлении в училища экзамены все равно придется сдавать. Поступление в магистратуру после получения звания бакалавра так же возможно без сертификата ЕГЭ, достаточно предоставить диплом, подтверждающий обучение.

Кроме вышеперечисленных лиц, единый государственный экзамен не обязателен для лиц с неполным высшим образованием - отчисленных или ушедших в академический отпуск студентов при восстановлении. Абитуриенты-призеры олимпиад автоматически получают максимальные сто баллов в ЕГЭ по соответствующему предмету. Сертификат о победе в олимпиаде можно подавать только в один из выбранных ВУЗов, в остальные учащийся подает стандартный пакет документов для поступления на общих основаниях без льгот.

Система получения аттестата об окончании среднего учебного заведения только по прохождении ЕГЭ дает возможность контроля приемными комиссиями ВУЗов за легитимностью поступления каждого абитуриента.